Cmentarz został założony jako cmentarz katolicki pod koniec XIX wieku. Od 1907 roku po powstaniu w Emaus (inna używana nazwa Krzyżowniki, obecnie używana nazwa dzielnicy – Siedlce) parafii katolickiej p.w. św. Franciszka, był administrowany przez tą parafię do 1950 roku. Następnie został przejęty przez Zarząd Cmentarzy Miejskich i użytkowany jako cmentarz komunalny.